Rădăcinile Universităţii Emanuel au fost sădite în 1986, când Biserica Baptistă Emanuel din Oradea, fosta Biserică Baptistă Numărul 2, a început un institut biblic în secret cu scopul de a pregăti viitorii pastori şi misionari din România comunistă.
În 1989, după căderea regimului comunist, şcoala, numită pe atunci Școala Prorocilor, a devenit seminar teologic evanghelic. Încă de la început Universitatea Emanuel a fost încurajată de anumite personalități din viața publică să pregătească nu numai păstori, ci şi profesori. Această provocare ne-a lărgit perspectiva: să pregătim tineri în domenii variate de studiu, și să-i înrădăcinăm în principii creştine solide. Viziunea universității a fost încă de la începutul anilor 90 o slujire creștină integrată la orice nivel al societăţii. Pornind cu aceste convingeri în pregătirea viitoarei generaţii de lucrători, Universitatea Emanuel şi-a extins orizontul pentru a se putea implica şi în alte părţi ale societăţii.
În prezent ea funcționează sub autoritatea spirituală a Bisericii Emanuel din Oradea și a unui Bord International de Garanți. Din punct de vedere academic Universitatea Emanuel din Oradea este integrată în sistemul național de învățământ sub autoritatea Ministerului Educației Cercetării și Tineretului din România, prin acreditarea acordată.